Цель исследования: оценить устойчивость циркуляции генотипа S и S-подобных штаммов M. tuberculosis (МБТ) на территории Республики Саха (Якутия) за 12-летний период и провести их филогенетическую идентификацию относительно Евро-Американской сублинии L4.4.Материалы и методы. В период с 2009 по 2022 гг. молекулярно-генетическими методами исследовано 513 штаммов МБТ от больных туберкулезом легких. Обнаружено 92 изолята, принадлежащих генотипу S или имевшему S-подобный генетический профиль. Проведено полногеномное секвенирование пяти штаммов генотипа S, циркулировавших на территории РС (Я) в 2020-2022 гг. Выполнен глобальный филогенетический анализ и определены эволюционные взаимоотношения полученных геномов, разработан ПЦР-РВ тест для экспресс-выявления штаммов генотипа S.Результаты. Наблюдается устойчивая циркуляция МБТ S и S-подобных генотипов на территории РС (Я), принадлежащих Евро-Американской сублинии L4.4, подтип L4.4.1.1. Эволюционная модель подтвердила ранее высказанную нами гипотезу о том, что распространение генотипа S среди коренного населения Якутии связано с массовыми контактами с русскими переселенцами, начиная с 17 века. Заключение. Распространение штаммов МБТ Евро-Американской сублинии L4.4, подтип L4.4.1.1 среди коренного населения Новой Зеландии, Канады и Якутии в 17-19 веках имеет большое сходство.
The objective: to assess the stability of circulation of S genotype and S-like strains of M. tuberculosis (MTB) in the Republic of Sakha (Yakutia) over a 12-year period and perform their phylogenetic identification relative to the L4.4 Euro-American subline. Subjects and Methods. Between 2009 and 2022, 513 MTB strains isolated from pulmonary tuberculosis patients were studied using molecular genetic methods. 92 isolates belonging to S genotype or having an S-like genetic profile were found. Whole-genome sequencing of five strains of S genotype that circulated in the territory of the Republic of Sakha (Yakutia) in 2020-2022 was carried out. A global phylogenetic analysis was performed and evolutionary relationship of the obtained genomes was determined, a RT-PCR test was developed for the rapid detection of S genotype strains. Results. In the territory of the Republic of Sakha (Yakutia), there is a stable circulation of S and S-like MTB genotypes belonging to the L4.4 Euro-American subline, the L4.4.1.1 subtype. The evolutionary model has confirmed the previously stated hypothesis that the spread of the S genotype among the indigenous population of Yakutia is associated with mass exposure to the Russian settlers which started from the beginning of the 17th century. Conclusion. Spread of MTB strains of the L4.4 Euro-American subline, L4.4.1.1 subtype, among the indigenous populations of New Zealand, Canada and Yakutia in the 17th-19th centuries is very similar.
