Формирование фонда Научно-исследовательского центра книжных памятников началось с 1968 г. путем перевода изданий из общего книгохранилища, книгохранилища отдела национальной и краеведческой литературы, отдела периодики в отдельный фонд. В настоящее время он насчитывает около 27610 единиц хранения. 

Фонд представлен книжными, газетными, нотными, а также рукописными документами и систематизирован по разделам.

Русская книга (20489 экз.):

  • Рукописные книги и книги кириллической печати
  • Книги из фондов дореволюционных библиотек Якутии
  • Книги о Якутии, изданные с 1843 по 1917 гг.
  • Издания, особые по материальному воплощению и другим признакам (факсимиле, миниатюры и др.)

Якутская книга (1038 экз.):

  • Книги, изданные русской православной миссией (1812-1917 гг.)
  • Книги, изданные в г. Якутске (1866-1917 гг.)

Периодическая печать Якутии (60 назв.)

  • Газеты (1887-1927 гг.)
  • Журналы (1912-1917 гг.) 

Книги на иностранных языках (1695-1917 гг.) (1225 экз.)

Дарственные и частные коллекции

Рукописный фонд

Общий объем фонда: 27610 экз.

Хронологические границы: 1695 г. - XXI в.

Специализация фонда по видам изданий: книги рукописные, книги печатные, нотные, изобразительные, картографические издания.

Специализация фонда по темам: универсальная.

Языковая характеристика: на русском, якутском, на языках малочисленных народов Севера, на иностранных европейских языках.

  • Рукописные книги:
книги XVIII вв. - XIX – 6 экз.
  • Старопечатные издания:
издания кирилловского шрифта XVIII- XIX вв. - 216 экз.; отечественные издания гражданского шрифта XVIII в. – 105 экз.
  • Первопечатные издания на языках народов России:
издания на якутском языке 1812-1917 гг. – 241 экз.
  • Издания, вышедшие после 1825 г.:

иностранные издания XIX в. - 1225 экз.

русская книга XIX века – 21991 экз.

замечательные образцы полиграфического исполнения и переплетного мастерства;

книги с автографами известных государственных деятелей, деятелей науки и культуры XX вв., также книги с автографами местных ученых, писателей, общественных деятелей, посетивших библиотеку (437 экз.) – С.М. Михалкова, Б.Н. Ельцина, Р. Казаковой и др.

Коллекции, книжные собрания

  • Коллекция «Миниатюрная книга» (около 1307 экз.)
  • Коллекции из библиотек Якутской городской публичной библиотеки, Якутской народной бесплатной библиотеки-читальни, библиотеки Якутского отдела Императорского русского географического отдела, Якутского областного статистического комитета и т.д. Хранение невыделенное из общего фонда НИЦКП.
  • Книги из личных библиотек деятелей науки, культуры Г.М. Василевич, К.А. Новиковой, Н.С. Григорьева, Г.А. Григоряна, П.А. Слепцова, Ч.М. Таксами, И.С. Гурвича, коллекция семьи Ю.А. Сем
  • Рукописный фонд:
  • Рукописи видных деятелей науки, культуры Г.М. Василевич, К.А. Новиковой, Н.Н. Грибановского, М.З. Винокурова, Ч.М. Таксами, С. С. Васильева-Борогонского и др.

Публикации о книжных памятниках НБ РС (Я):

  • Лончакова, Г.А. Русские рукописные книги и книги кирилловской печати г. Якутска: каталог / сост. Г.А. Лончакова ; ред. В.Н. Алексеев ; Гос. публ. науч.-техн. биб-ка Сиб. отд-ние РАН; Нац. биб-ка Респ. Саха (Якутия). – Новосибирск, 2000. – 231 с.
  • Потапова Л.Н. Библиотека Г.М. Василевич : каталог / сост. Л.Н. Потапова; ред. А.Н. Алексеева; Нац. биб-ка Респ. Саха (Якутия). – Якутск, 1995. – 185 с. – (Дарственные коллекции в фондах Национальной библиотеки РС (Я); Вып.1).
  • Потапова Л.Н. Библиотека К.А. Новиковой : каталог / сост. Л.Н. Потапова; ред. В.Н. Павлова; Нац. б-ка Респ. Саха (Якутия); Ин-т проблем малочисл. народов Севера СО РАН. – Якутск, 1997. – 36 с. – (Дарственные коллекции в фондах Национальной библиотеки РС (Я); Вып.2).
  • Сводный каталог якутской книги (1812-1917 гг.) / М-во образования и науки Рос. Федерации, Арктич. гос. ин-т культуры и искусств, М-во культуры и духов. развития Респ. Саха (Якутия), Нац. б-ка Респ. Саха (Якутия), Науч.-исслед. центр книж. памятников ; [сост.: Т. А. Андросова, С. И. Бойтунова (отв. сост.), В. Б. Борисов и др. ; науч. ред. С. В. Максимова ; библиогр. ред. Т. С. Максимова ; отв. за вып. Г.Ф. Леверьева] . - Новосибирск : Наука, 2015.